OP
遊戲發售之時，機動戰士SEED還沒做播完，所以SEED的故事去到中段，就亂咁黎!!
不過有Freedom!!! 當然要玩!!!
U.C 0079……
攻略文章轉貼
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遊戲系統：
本次SD高達在戰場方面和PS的《吉倫的野望》相近，MS可以最大三部組成一個小隊，而大型（L型）的MS或是MA就只能一隊一部了。小隊還可以合併，比如A小隊有兩部小型MS，而B小隊只有一部小型MS，這時B小隊就可以移動到A小隊上合併成一個小隊。
戰鬥中的小隊指令菜單：
移動：分為單體移動和全體移動，顧名思義，單體移動就是只移動小隊中某一部機體，而全體移動就是全小隊一起移動，注意這時的移動力是按移動力最低的單位來算的。
隊列：編成小隊的隊列，小隊的一號隊員只能攻擊敵方小隊的一號隊員，二號和三號依此類推，但是當敵人小隊的戰鬥單位小於我方小隊戰鬥單位的時候，我方多出來的小隊成員會向敵小隊一號隊員進攻（例如我方有三名隊員，而敵方只有兩名，這時我方的第三名隊員就會攻擊敵方的第一名隊員）。利用隊列的戰術也很多，比如敵小隊二號隊員的實彈武器攻擊力很高，而我方小隊裡恰好有SEED系的高達，這時候就可以將我方SEED系的高達調至二號，然後就可以利用SEED系高達的PS裝甲來防禦住敵人的實彈攻擊了。
攻擊：直接攻擊只能攻擊鄰接的敵人，有六方向，選定攻擊目標小隊後進入設置畫面，此時可以選擇武器攻擊，迴避和ID。射擊攻擊有殘彈限制，格鬥武器無限制，有些武器是消耗機師的SP的；選擇迴避的話，選擇迴避的機體本次不參與攻擊但是迴避率得到提升。ID相當於機器人大戰中的精神指令，就是原作中該機師比較著名的台詞，使用後可以提昇機師或是機體的能力，有SP限制。攻擊時射擊攻擊會先制於格鬥攻擊,即攻方射擊->守方射擊->攻方格鬥->守方格鬥，不過有時機師也能發動先制攻擊。
間接：此指令一般為母艦或是砲擊型MS單位所有（比如鋼加農等），選擇此指令後可以選擇長距離砲擊型武器對敵小隊實施遠程打擊，被攻擊的敵小隊無法反擊，但是可以選擇“散開”指令來躲過攻擊，但是散開後可能因為落單而被各個擊破，且當四周圍都有小隊在的時候無法散開（總不能站人家頭上去吧……），有的機師擁有阻止散開的ID，這種機師一定要給他分配具有強力遠程武器的機體啊。
ID：在戰斗地圖畫面的菜單裡的ID一般是使用對我方大範圍有效的ID，例如主艦的艦長可以使用散佈米粒子的ID來增強指揮範圍內我方機體的迴避能力。
變形：某些MS具有變形能力，可變成MA等。
捕獲：機體和資金的重要來源，要想得到好的機體或是搶來敵人機體拿去賣錢的話，就要靠這一著了。當我方有將敵人包圍時（三個小隊與敵人鄰接，位置不限定，包圍的小隊越多，成功率越高）出現，還會有成功率提示（BOSS機無法捕捉），是抓是殺全在於玩家了，有的機師擁有可以提升捕獲率的ID，一定要善加應用。
交信：相當於機器人大戰裡的“說得”選項，當戰場中可以發生對話的兩名機師所在小隊鄰接的時候就會出現，此時可以對敵方角色進行說得等。熟悉原作的玩家應該記得在什麼情節裡會有哪些人會出現對話吧，那麼就趕快試試吧。
母艦專有的"發進"和"歸艦":機體從母艦裡出發的時候可以是整個小隊一起出發.而當機體受傷或是彈盡的時候可以回到母艦裡補給和修理。
被敵方間接攻擊的時候,我方會有"散開"和"維持"兩個選項,選擇"散開"的話,會有較高的機率躲過敵人的攻擊,但是隊員們卻會被分散開,有被各個擊破的危險,所以有時候要選擇"維持"來保持隊型,但是這時就要靠機師的能力來躲避攻擊了.要注意的是母艦是不能散開的，所以面對敵人的遠程攻擊時，只能硬接下來了。
在戰斗地圖上，在小隊圖標上按下B鍵，可以進入小隊狀態畫面，然後可以選擇機體，再按左或是右鍵查看機體或機師資料。按下選擇鍵則可以查看縮略地圖。
戰鬥中的系統菜單：
在地圖空處按下A鍵就會出現系統菜單：
1.TURN END：結束我方的行動，輪到敵人行動。總行動順為：我軍->敵軍->友軍->第三軍。
2.中斷：戰場記錄。
3.狀況：可以查看現在敵我雙方的狀態。
4.部隊一覽：查看我方部隊狀況。
5.設定：系統設定，第一項是是否確認攻擊方式，即選擇好攻擊所使用的武器後電腦會提示你是否確定開始攻擊。第二項是是否自動跳過對話，當你長時間不按鍵進行對話的時候，會自動跳到下一個對白。第三項是信息速度，可按自己喜好來調節遊戲信息的速度。
過關後的獎勵：
這次的金錢都用補給點來表示，過關後可以得到補給點，發生劇情對話也能得到補給點的獎勵。在編成時也可以通過賣掉敵人的機體來獲得補給點，有些關卡過關後還能得到改造用的部件。
編成畫面菜單：
作戰
1.作戰：確認下一關的作戰目的，玩家可以通過作戰會議了解一下下一關的情況。
2.索敵：相當於獎勵關，可以無限進入，裡面是隨機配置的敵人，當感覺自己的補給點不夠或是需要什麼機體的時候就索敵看看吧，說不定會有意外的收穫。
3.進擊：進入下一關。
4.記錄：不用說了吧……本次的記錄檔只有一個。
5.讀取：這個我看也不用說了……
編成
1.配屬：將機師和MS或MA配置於母艦上。要注意的是有的機師是只能要乘坐專用機的。
2.補給：分為補給和處分兩個選項，補給選項是消耗補給點來購買機體和組合部件，而處分則是將已有的機體或是組合部件賣掉從而獲得補給點。
3.部隊一覽：查看所有單位的資料。
開發
1.改造：本次的SD高達與PS上的一系列SD高達都不相同，由於機能的關係，將原有的設計、開發和生產等項目都取消，而改為“改造”，就是將得到的組合部件與機體相組合，從而組合出新的更強的機體，例如“高達”+“マグネットコーティング”就可以組合出MC高達，要特定的機體和特定的部件才能組合出新的MS或是MA，所以，為了能擁有更強大的機體，大家快去敵人身上搜刮零件吧。
另一個選項"強化",是消耗一定量的金錢來強化機體的能力和武器的攻擊力,每部機體只能強化兩次,但是當強化過的機體又一次被改造或是分解之後,強化效果也會消失,所以在強化高級機體的時候一定要三思,不要白白讓補給點打了水漂.
2.分解：將組合過的機體分解為原來的機體和部件。某些高級的部件要從敵方的高級機體身上拆下來才有可能得到。
3.設計圖：所有已經組合成功後的機體都會在這裡顯示出來並有組合方案。
通關後：
通關後可以接記錄繼續玩，不過此時只能在玩過的關卡里索敵，不過索敵幾次後就會出現隱藏關。在おまけ裡可以查看所有見過人物和機體的資料，還可以聽遊戲中的音樂。
機體開發表
按作品年代劃分
改造前加裝配件改造後
ガンダムマグネットコーティングMCガンダム
MCガンダムムーバブルフレームGP01ゼフィランサス
ジムカスタムパーツジム?コマンド
Ez8改サラミス炮Ez8HAC
Ez8改ベクタードスラスターEz8HMC
アプサラスⅡクリアランスパーツアプサラスⅢ
エルメスサイココントローラーキュベレイMKⅡ
ザクⅡFZハイクリアランスバーツギラ?ドーガ
ザクⅡFZクリアランスパーツハイザック
ザクⅡFZJカスタムパーツグフ
ザクⅡカスタムパーツザクⅡFZ
ザクⅡF陸戰キットザクⅡJ
ザクⅡFZムーバブルフレームザクⅢ
グフカスタムパーツグフカスタム
ゲルググスナイバーライフルゲルググJG
ゲルググカスタムパーツゲルググM
ゲルググハイクリアランスパーツR?ジャジャ
ドムクリアランスパーツドム?グロースバイル
ドムカスタムパーツドム?トローペン
ドム高機動スラスタードム? インニヒツ
ドムムーバブルフレームドライセン
ズゴックカスタムパーツズゴックE
ハイザックムーバブルフレームバーザム
ビグロIフィールドノイエ?ジール
ビグロクリアランスパーツヴァル?ヴァロ
NT-1アレックスアーマーユニットアレックスFA
GP01ゼフィランサス高機動スラスターGP01フルバーニアン
GP01ゼフィランサスクリアランスパーツガンダムMKⅡ
GP03SステイメンアームドベースGP03デンドロビウム
ジム?コマンドカスタムパーツジムカスタム
ジムカスタムクリアランスパーツジムⅡ
ジムカスタムビームキャノンジムキャノンⅡ
ジムⅡムーバブルフレームジムⅢ
ジムⅢアップグレードバーツジェガン
ノイエ?ジールハイグレードパーツαアジール
Zガンダムインコムスベリオルガンダム
Zガンダムハイクリアランスパーツリ?ガズィ
ZガンダムハイメガキャノンZZガンダム
ガンダムMKⅡディフェンサーユニットスーパーガンダム
リック?ディアス可變フレームメタス
リック?ディアスアップグレードバーツリックディアスS
リックディアスSディフェン サーユニットスーパーディアス
メタスムーバブルフレーム百式
百式メガバズーカランチャー百式（MBL）
百式アップグレードバーツ百式改
百式バイオセンサーZガンダム
百式改アーマーユニットフルアーマー百式改
サイコガンダムインコムガンダムMKⅤ
ガンダムMKⅤハイグレードパーツドーベンウルフ
ZZガンダムアーマーユニットフルアーマーZZ
キュベレイMKⅡビームキャノン量產型キュベレイ
ガザCガンダリウムγガザD
ガザDアップグレードバーツガザE
ザクⅢハイグレードパーツザクⅢ改
ジェガンハイクリアランスパーツヘビーガン
リ?ガズィBWSリ?ガズィ（BWS）
リ?ガズィフィンファンネルυガンダム
ギラ?ドーガサイココントローラーヤクト?ドーガ
ヤクト?ドーガサイコフレームサザビー
VガンダムビームキャノンV'ガンダム
劇情攻略
宇宙世紀（UC）0079年一月三日，距離地球最遠的殖民衛星--SIDE3宣布獨立，建立吉恩(ジオン)公國，並且對地球聯邦宣戰。當時地球聯邦的綜合國力是吉恩的20倍，無論是誰都相信一定會是地球聯邦壓倒性的勝利，只不過事實總是超乎人們的想像之外的……通過遺傳因子操作的人類- -COORDINATOR，以及他們的軍隊--ZAFT，還有位於歐洲的實力強大的羅姆菲勒(ロ—ムフェラ)財團及其私兵部隊--OZ，在這些第三勢力的介入下，吉恩軍從戰爭初期開始取得了壓倒性的勝利……戰爭就這樣持續了半年，地球聯邦、吉恩公國、OZ、ZAFT，還有月之民(ム—ンレィス)……0079年九月中旬，吉恩與聯邦的戰鬥越來越激化，
第一關:它的名字是“高達”?"G" on the ground SEED
第一話的劇情,ZAFT的庫魯澤(クルーゼ)隊襲擊了奧布的殖民衛星海里奧波里斯欲奪取聯邦軍的新造兵器,大和吉良(キラ=ヤマト)在尋找避難所的途中無意間在工廠裡發現了聯邦軍的新式機動兵器“G”，而且前來奪取它的ZAFT士兵居然是從前的好友阿斯蘭(アスラン=ザラ)，為了逃生，吉良只好乘上了強襲高達（ストライクガンダム）…… 第一戰比較容易，一開始瑪琉(マリュ—=ラミアス)會詢問是否需要指導，選第一項的話可以在瑪琉的指導下輕鬆消滅敵人，選第二項的話就要靠自己努力了，建議第一次玩的人還是選第一項好。幹掉三部敵機後被庫魯擇追擊的穆(ムゥ=フラガ)出現，可以讓吉良和他組成一隊再攻擊敵人，過了幾回合母鍵ＡＡ（アークエンジェル，簡稱AA）就會趕到支援。對付庫魯澤的時候只要多多利用ＩＤ就可以輕鬆解決。
第二關：從宇宙落下之星?Descend to earth
ＡＡ要突入大氣圈進入地球，聯邦軍的ＬＵＮＡ２的瓦肯艦隊來護衛。庫魯澤隊和吉恩軍的“紅色閃電”喬尼?萊丁惡狠狠地……追殺過來，而吉良的好友－阿斯蘭也在其中…… 本關任務是防衛ＡＡ六回合，一開始友軍戰艦就會衝上去並放出多隊的核戰機來攻擊敵人，不過在敵人面前只有挨打的份，吉良和阿斯蘭交手後兩人可以交信。數回合後，高達Ｘ裡的ＢＴ兄弟來襲，吉良看見ＡＡ被攻擊，當即爆ＳＥＥＤ將兩人擊退。瓦肯司令在這場戰鬥中也會被庫魯擇所擊敗。六回合後，ＡＡ突入大氣層，同時TURN A高達的主角羅蘭(ロラン=セアック）也做為月之民的“地球回歸計劃”的先遣部隊而降落地球，但是吉良在準備歸艦的時候被突然出現的飛翼零式(ウィングガンダムゼロ)攻擊，受重傷後掉落地球……
第三話：戰場是荒野?Escape in ruines
本關是ＷＢ(ホワイトベース，簡稱WB)隊擊斃吉恩軍司令卡魯瑪?扎比(ガルマ=ザビ)的劇情，夏亞(シャア)的複仇計劃第一步。我方的目標是將敵人引到ＷＢ的埋伏範圍內，一開始布萊德會作出說明，紅色的區域即是。讓阿姆羅上前和夏亞交手會發生對話，阿姆羅和敵軍中的庫庫魯斯（ククルス?ドアン）交手後也會發生對話，然後可以交信（這是進入ＥＸ第一關的條件）。當卡魯瑪所乘坐的母艦進入範圍後，會發生原著劇情，ＷＢ將卡魯瑪擊斃，同時敵軍的其他母艦也會撤退，但是ＭＳ部隊會留下來，所以這時候就可以放開了隨便打了，如果可以的話抓一部扎古回家收藏收藏。
Ex第一關：庫庫魯斯的島?Desert soldier
阿姆羅出艦偵察後被不明炮火擊中，醒來後發現自己身處一座小島中，原來擊落他的就是在上一戰中交手過的庫庫魯斯，這時卻有數部吉恩軍的紮古來襲，原來庫庫魯斯為了保護孩子們而當了逃兵，而吉恩軍是來清理門戶的。
第二回合庫庫魯斯就會出來支援，兩人將扎古隊全滅後又出現了新的敵人，這時庫庫魯斯怒槽爆發，發動ＳＵＰＥＲ模式……將敵軍全滅……然後母艦來到，接走了阿姆羅，同時庫庫魯斯為了能保護更多在戰爭中受苦的孩子，也加入了ＷＢ隊。
第四話：吉恩的威脅
WB隊在前往聯邦軍總基地加布羅的途中。在經過沙漠的時候，和吉恩軍的王牌機師--“青色巨星”蘭巴?拉魯(ランバ=ラル)所帶的部隊遭遇。
本關敵人還是不太多，開戰後，塞拉（セイラ)會駕駛核戰機出擊挑戰蘭巴，但是卻被重創（HP減半）。這時可以讓WB和塞拉鄰接後交信，塞拉就會重新聽從指揮。數回合後，阿魯夫（アルフ）博士帶著勇(ユウ=カジマ)的BD小隊出現在左上方，同時在左下方也出現了乘坐著同樣擁有EXAM系統的依夫里特(イフリ—ト)的尼姆巴斯(ニムバス)。這時可以讓勇發動BD-1的EXAM系統（用ID）然後再和尼姆巴斯交戰，由勇打倒尼姆巴斯的話可以得到獎勵點數。
過關後，WB隊決定與同在沙漠中的AA隊會合。
第五話：沙塵的盡頭?Desert tiger,Blue giant
在AA隊和WB隊會合的時候，ZAFT軍號稱沙漠之虎的安多留?巴魯特菲魯德(アンドリュ=バルトフェルド)來襲，在沙漠之虎開始進攻後，蘭巴?拉魯所率領的吉恩軍也開始了進攻，我方呈被敵兩面夾擊之勢。本關可令WB隊和AA隊分別迎擊上下兩方的敵人，WB隊方面，最好是讓塞拉和阿姆羅編在一隊，這樣和蘭巴交戰的時候就可以一次性對話完畢，多運用鋼加農(ガンキャノン)和鋼坦克(ガンタンク)的遠程攻擊分散敵人然後再加以各個擊破。勇的隊伍最好是去支援WB隊。在AA隊那邊，第一回合結束後卡嘉麗(カガリ)就會率領游擊隊乘扎古出擊，同時羅蘭也會乘座MSフラット在左方出現，不過這時候他們都是友軍，可以讓大天使號靠近卡嘉麗進行交信，然後他們就會加入我方。吉良也可以和卡嘉麗進行交信。敵軍的MA巴庫（バクゥ）實力較強且都帶有遠程武器，如果能讓AA受重傷的話，吉良就會發動SEED，這樣就容易多了。
戰鬥結束後得到新的補給，強襲高達的空戰裝備也得手了，還有強化了的MC高達，馬上就要開始奧得塞攻略戰了。
第六話：哀戰士?Battle in Odessa
本關是與“青色巨星”隊和“沙漠之虎”隊的決戰，我方的小隊配置最好是和上一關相同。開戰後，建議先攻擊蘭巴隊，由阿姆羅擊倒蘭巴後會發生劇情，蘭巴自盡而亡（如果在擊倒蘭巴之前先擊到他的妻子哈蒙（敵母艦）的話，可以進入EX第二關）。沙漠之虎方面，由吉良將安多留擊倒後也會發生劇情。將敵人消滅到一定數量以下的時候，在地圖中央的湖下方，黑色三連星會帶著四隊扎古增援，讓阿姆羅攻擊黑色三連星小隊的話會發生劇情，瑪奇露達為了掩護阿姆羅而被黑色三連星殺死，而阿姆羅也在這個時候擊斃了三連星中的馬修。事件後，三連星的其餘兩人撤退，可以放心打掃戰場了。戰鬥結束後收到消息，雷比爾將軍已經成功拿下奧德塞，吉恩軍的瑪?庫貝司令（マ=クベ）逃往宇宙。同時，雷比爾將軍將AA隊和WB隊編成為第十三獨立艦隊，並任命AA為旗艦（終於，0079被SEED完全壓過了……），瑪琉為艦隊的總指揮。這時警報響起，原來吉恩軍已經開始了加布羅攻略作戰，在空中更是出現了由愛娜（アイナ）駕駛的MA阿布薩拉斯(アブサラス)……
Ex第二關：戰鬥只能加深仇恨?A song of hate they hear……
安多留的情人愛沙為了給安多留報仇而帶隊來襲。在第二回合會有兩部敵機增援，讓吉良攻擊愛沙會有對話，第三回合結束時，哈蒙會駕駛著裝滿了炸藥的陸上戰艦出現欲撞擊WB，現在玩家的首要目標就是要擊毀哈蒙的戰艦。將敵人全滅後，吉恩軍的殘黨也投降了，但是突然出現的聯邦軍的巴斯克卻讓強化人零將投降的吉恩軍消滅，瑪琉艦長看不過，決定讓吉恩軍的人先逃跑，而由我方艦隊來拖延時間。 此時的任務目的是拖延時間到八回合以後，不過巴斯克的戰艦會一直沖向前來，玩家如果想快點解決的話直接將戰艦擊毀就可以了。
第七話：突襲加布羅?Jabro raided
阿魯夫博士製造好了高達BD3，並將其交與勇。 在地面上打得熱火朝天時，夏亞正率隊偷襲加布羅的地下港。
本關一開始敵人出現在地圖的右下角，在正式開始戰鬥後，尼姆巴斯偷取了高達BD2在地圖的右方出現。 而乘上了BD3的勇也已經出擊，當然對付尼姆巴斯的最好方法就是讓勇發動EXAM後用特技攻擊。 第二回合開始後08小隊的西羅（シロ—)帶隊在地圖左方出現增援。 將敵人消滅到一定數量的時候，愛娜乘坐著MA布薩拉斯出現在地圖左下方，同時黑色三連星的剩餘兩位也駕駛著新型的MS加入戰鬥。 當夏亞攻擊WB的時候會發生劇情，伍提為了掩護WB而被夏亞殺死，而塞拉和夏亞交戰後雙方可以交信。 擊退愛娜後，西羅和原著劇情一樣追擊阿布薩拉斯而去，全滅敵人後，總部也傳來了撤退命令，原來加布羅已經完全失守了，眾人正要離去時，那該874的福羅斯特兄弟又出現了，不但自身乘坐著高達，還帶來了一批阿布薩拉斯……
此時玩家的任務就是要讓AA逃離到地圖下方區域，瑪琉艦長會指示出來，接著就是……逃吧……
其實大家可以趁這個時候抓一兩部阿布薩拉斯回家的，這可是好東西啊~~~~只要小心歐魯巴（オルバ）的攻擊就行了，其他的敵人都是用遠程攻擊的，可以利用散開來迴避。
一行逃出加布羅後，加布羅便被吉恩軍完全佔領，地球聯邦陷入了非常不利的境地，雷比爾將軍只好率部撤離到澳洲繼續指揮反抗作戰。 雖然這裡有新型的戰艦和MS，但吉恩軍的魔爪也已經伸到了這裡……
第八話：強奪高達?Encounter in two soldiers
在聯邦軍新型戰艦阿魯比安(アルビオン，以後簡稱ARU)停靠在基地內的時候，吉恩軍的王牌機師--有著“所羅門的惡夢之稱的阿納貝爾?卡特(アナベル=ガト—)潛入基地內並成功奪取了搭載有核彈頭的最新試制MS-高達GP-02，在他奪得機體的同時，聯邦軍的士浦木宏(コウ=ウラキ)發現了此情況，便隨即搭乘上同樣是新型試制MS的高達GP-01欲阻止卡特。
本關開始便是宏和卡特的單挑，把宏的ID全用上吧，不出差錯的話兩次攻擊就能解決掉GP-02，不過在卡特強大的實力下（其實是像小強一樣復活了……），宏還是沒能阻止得了他。 在卡特撤退後，吉恩軍的掩護部隊登場，巴尼(バ—ニイ)也在其中。 這回的敵人數量比較多，而我們的獨立艦隊又不能馬上出擊，在基地中擔任試飛員的克麗絲(クリス）怕宏一個人應付不過來，便乘上高達NT-1出擊。 一開始先不要過去攻擊敵人，讓敵人先靠近，等第三回合開始主艦出擊後在讓大夥兒一起上，如果上關有捕捉到阿布薩拉斯並改造出阿布薩拉斯3的話，就能利用直線型的地圖武器攻擊將大部隊的敵人分散開來，這樣就比較容易擊倒敵人了，敵人中有幾部水戰MS，如(ズゴックE、ハイゴッグ),質量還是不錯的，抓一兩部來吧。 當克麗絲和巴尼交戰的時候他們會有對話，然後用克麗絲擊倒巴尼就可以救得到他。 全滅敵人後即可過關。
過關後會有數名新的機師補充，總算是陷入人多位子少的局面了……一名自稱卡繆(カミ—ユ)的年輕人出現，他就是將基地內的情報出賣給吉恩軍的聯邦軍士官福蘭克林(フランクリン)的兒子。 他要求加入我方但是卻遭到瑪琉艦長的拒絕。 隨後，ARU艦長西拿普斯(エイパ—=シナプス)決定開始追擊卡特。
第九話：熱砂的攻防戰?For Zeon,For glory
ARU隊找到了吉恩軍的基地，此時卡特正準備和GP-02一起上宇宙，於是西拿普斯艦長下令ARU隊先行開始進攻。
初期敵人不是很多，但是敵人在攻擊時大都會使用ID，且我方一開始的人數較少，最好不要馬上就衝上去。 第二回合結束後，卡繆的父親會駕駛著紅色角馬來進攻我方，同時卡繆也從機庫裡偷乘高達MK2出擊阻止父親。 在第三回合，AA和WB趕到，同時敵人也會派出增援。 這時可以放心進攻了。 讓卡繆和他父親交戰會有對話，但是不要將其擊倒，下一回合開始後，東方不敗會出現，將卡繆父子好好教訓了一頓後，出手將卡繆的父親打倒，並讓徒弟多蒙(ドモン=カッシュ)將其綁到AA上，隨後兩人即加入戰鬥。 在我方母艦接近吉恩軍基地（也有可能是第四回合開始後我方行動後）時，卡特終於不忍丟下同伴不顧而駕機出擊，而吉恩軍的基林(キリング）中佐卻不願幹這傻事而離去。 擊倒卡特後就可以回收GP-02（但是用不到……）。
戰鬥結束後，東方不敗師徒來到AA上，東方不敗想把弟子留在艦隊裡“體驗生活”，西拿普斯艦長怕麻煩就把一切都推給瑪琉艦長自己卻跑了……盛情難卻，瑪琉艦長只好留下了多蒙，同時康復後的巴尼也加入隊伍中。
此時，在宇宙，基林中佐正為了將核彈頭帶了出來而暗暗高興，沒想到卻接到了有一部不明身份的MA接近的報告……而飛翼零已經瞄準了目標……
後篇：穿過宇宙的流星?The 3rd "GUNDAM" appears
此關乃希羅的個人秀，基林派出的MS根本就不能和零式相匹敵。 解決了敵人後，希羅又收到的新的任務，向著目的地而去……（如果四回合內能過關，就能進入Ex第三關）
為了奪回加布羅基地，第十三獨立艦隊被編入加米托夫準將的心腹---巴斯克的部隊中，這時眾人才得知原來加米托夫已經取代了雷比爾將軍的位置。 西羅因為在撤出加布羅基地後和敵軍的愛娜在一起而被懷疑是間諜，為了洗清自己的嫌疑，他要求下一次戰鬥時一定要讓他出擊，同時在吉恩那邊邊，愛娜也同樣因為曾和聯邦軍的西羅在一起而受到她的哥哥基尼阿斯（ギニアス）的責怪。 這時在宇宙中，阿斯蘭也作為ZAFT的增援而被派遣到加布羅基地。
Ex第三關：和高達相會的日子?Boys meet "G"
OZ襲擊了西布克所在的城市，因為西布克的母親是高達F91者，所以聯邦士兵想讓他看看能不能啟動F91，沒想到真的成功了，於是西布克就駕駛著F91單槍匹馬出擊迎敵。 在第二回合，伍索看見OZ在城市裡引發戰鬥後十分氣憤，居然爬上敵人的MS將機師打出來後乘上了敵方的MS，西布克感應到那部MS並不是敵人後便讓伍索與其會合。 第三回合我方艦隊登場，而剛才被伍索打落的敵BOSS也重新帶兵上場。 將敵兩BOSS都消滅後，希羅和澤古斯兩人出現且澤古斯想要和希羅分個身負，不過在希羅強大的火力下……全滅敵人後就可過關。
西拿普斯艦長正在責怪聯邦士官隨隨便便讓外人接觸軍部機密，而瑪琉艦長卻說這事交由她處理就好了，而西布克也有加入我方的意思。 伍索為了尋找自己的父親也加入了艦隊。
第十話：震動的大地?Darkness crawl
奪回加布羅的作戰已經開始了，第十三獨立艦隊奉命在加布羅地下港吸引敵軍注意力好讓聯邦主力部隊能夠順利攻下加布羅。 進入地下港後，吉恩軍已經擺好了陣勢準備歡迎我軍……
本關最好讓三個部隊都從左邊進攻，西羅已經出擊。 吉良可以在和敵軍中的阿斯蘭交手後與其交信，但是兩個人都說服不了對方，用吉良擊退阿斯蘭可以得到獎勵。 敵軍中的諾里斯(ノリス)在被打倒後還會再复活一次，然後再用西羅擊倒他就會發生劇情，西羅在被諾里斯重創後仍不放棄，堅信自己一定要見到愛娜而拼死向諾里斯發起攻擊，在最後一刻，諾里斯終於知道眼前的對手就是愛娜所思念的人……
消滅全部敵人後，基尼阿斯和愛娜駕駛著完成了的阿布薩拉斯3出現，同時巴斯克也在加布羅地下設置好了獨眼巨人系統(サイクロブス)，想將吉恩軍和第十三獨立艦隊一網打盡。 當敵人開始行動後，阿魯夫博士發覺了這一情況，原來是加米托夫為了在奪回加布羅後順便削弱雷比爾將軍的力量而搞的鬼，這次參加進攻的也差不多都是原雷比爾將軍的部隊。 知悉了這一情況後，西拿普斯艦長決定盡快消滅剩餘的敵人後再逃走。
在引發這一劇情前玩家們最好將己方部隊往下放一點，因為阿布薩拉斯3的攻擊力和命中都很高，萬一被其擊中後果不堪設想……將阿布薩拉斯3的HP打到快完時會發生劇情，愛娜因不同意哥哥的做法而被基尼阿斯槍擊，隨後憤怒的基尼阿斯向我軍發起了猛攻（HP全回复）。 再一次用西羅擊倒他後，西羅和愛娜便會兩人合力給予阿布薩拉斯3最後一擊，終於將其消滅，可同時兩人也捲入了爆炸中，幸好被桑達斯救回。
消滅了阿布薩拉斯3後戰鬥就會結束，我軍正準備逃離的時候，又一次，那BL兄弟帶兵擋在我軍面前。 希羅在此時及時趕到，消滅了擋路的敵軍後帶領艦隊逃出了即將爆炸的加布羅……
逃出成功之後，眾人正為以後該怎麼辦而著急，這時與希羅同來的J博士（ドクタ—J）出現在AA的艦橋通過J博士的話眾人才知道，原來加米托夫已經和OZ勾結在一起了，吉良認為現在的目應該是致力於將戰爭本身消滅掉，於是瑪琉艦長決定全艦隊退出聯邦軍，以後的目標就是要盡力阻止戰爭。
第十三獨立艦隊經過數場惡戰，迫切需要進行修理和補給，於是J博士就將艦隊帶往中立國奧布接受整修，而奧布的領導人伍茲米（ウズミ=アスハ）也希望AA艦隊能將戰爭結束回復和平。 獨立艦隊補給整修完後利用奧布的質量加速器進入宇宙，而庫魯澤也在這個時候率艦隊來襲。
第十一話：必須要與其戰鬥的東西?Their goal has not seen,yet
在上一關結束後是沒有進入編成畫面而直接進入本關的。 開始戰鬥後，我方只有AA一艘戰艦，敵方同樣也只有一艘戰艦。 當勇開始行動後會發生劇情，BD3的系統似乎感應到了什麼東西，這時也會在地圖上用紅色區域標明，玩家所做的就是要讓勇進入這個區域，然後會發生BD3暴走事件，隨即BD3就消失了（進入EX第四關的條件）。 將敵人消滅到只剩三四部機子的時候，亞贊（ヤザン）所帶領的聯邦軍就會出現，萬萬沒料到的是他居然給庫魯澤帶來了自由高達(フリ—ダムガンダム)，隨後庫魯澤就換乘上了自由高達。
正當庫魯澤的部下對自己上司的行為感到不解的時候，庫魯澤對著自己的戰艦開火了……
亞讚的機體是高達MK5，而且是可以捕捉的！ 只不過機率比較低，可能要多試幾次才能成功。 用卡繆攻擊亞贊、用吉良和穆攻擊庫魯澤都會發生對話。 擊倒庫魯澤後他會離去，此時在地圖下方居然又出現了阿布薩拉斯3，原來是在加布羅被福羅斯特兄弟撿了回來並改造成了MA。 愛娜見到此景不禁傷心地回想起了自己的哥哥，而西羅為了親手結束阿布薩拉斯的惡夢而駕機出擊。
由於西羅的機體是陸戰型，所以在宇宙裡是根本動彈不得，而且阿布薩拉斯3的護衛MS也都較強，幸好西羅的ID可以大大加強迴避率，此時應該讓AA接近吸引火力（敵人會以攻擊AA為優先），然後再慢慢料理阿布薩拉斯。
本關出現了許多新型的MS，玩家們應該知道要幹什麼了吧？ 挑中意的帶回家去吧……
過關後西拿普斯艦長來到，要求AA隊回去聯邦軍，雖然西拿普斯艦長只是奉命行事，並且聲明如不遵從就要動用武力，瑪琉艦長還是在嚴詞拒絕後離開了。
由於勇駕駛著BD3失踪了，所以要派人去搜索。 西羅為EZ-8不能在宇宙中戰鬥而苦惱不已，但是J博士卻信心滿滿地說有辦法可以將EZ-8改裝成宇宙戰模式。
Ex第四關：被制裁的人?A girl in cage
勇在宇宙中找到了呼喚自己的東西，原來就是駕駛著BD2的尼姆巴斯，兩人間的決鬥不可避免地開始了……
本關一對一的決鬥，玩家可以讓勇發動EXAM後再攻擊尼姆巴斯，應該很容易就能得勝。 擊倒尼姆巴斯後，他仍然沒有放棄要打敗勇的信念，BD2也發動了EXAM模式。 此時我方母艦到達，尼姆巴斯為了不讓自己的決鬥被妨礙，派出四部MS來阻止我軍。 再一次用勇擊倒BD2後發生劇情，瘋狂的決鬥以BD2被擊破而宣告結束，BD3也因為損壞嚴重而爆炸（就這麼沒了……），所幸勇被救了出來。 在最後一刻，尼姆巴斯仍然不明白為什麼EXAM沒有選擇自己而是選擇了勇……
過關後回到艦上，阿魯夫博士對勇說出了一切，原來EXAM系統是原吉恩軍的庫魯斯特博士開發的用來對付新人類的人工NT系統，是將一名叫瑪麗安(マリオン)的NT少女的思維腦波植入MS的電腦系統而形成的。 當勇向瑪麗安問起她為什麼會選擇自己時，瑪麗安的回答是：只有勇一個人沒有把她當成是一個系統來看待……
ARU號馬上就要追上來了，難道非和自己人戰鬥不可嗎……
第十二關：螺旋的邂逅?A battle no one wish
戰鬥還是不可避免地發生了，AA號被擊中，引擎出了問題而無法動彈，西拿普斯艦長和布萊德艦長又一次勸瑪琉艦長回心轉意，但瑪琉艦長還是拒絕了。 身為軍人，服從命令是天職，無奈之下，ARU隊和WB隊只得開始攻擊AA隊……
本關敵人有強大的MA--GP-03S，但是不能捕捉……盡可能快的將敵人的數目減少吧，因為本關也有EX關，進入方法是四回合內將敵人打至四部以下，可以利用飛翼零的全體攻擊來給敵人造成較大的損傷（配合希羅的ID敵全體能力下降效果非凡）。
將敵人打到四部以下的時候，瑪琉艦長下令停止戰斗全員歸艦，她認為再這樣繼續和同伴戰鬥是毫無意義的，西拿普斯艦長也決定不再追擊。 在這時候，一艘和AA號非常相似的戰艦--主天使號(ドミニオン，以後簡稱DOMI)出現了，而艦長居然是娜塔魯(ナタル=バジルル)！ 在巴斯克的命令下，主天使號將ARU和WB打成重傷，ARU和WB不得已撤退，瑪琉艦長下令全軍開始迎擊新的敵人。
亞贊真的是一個很好的人啊，你看，他又帶了一部MK5來孝敬我們了……照上次那樣把他抓起來。 將敵人打到只剩兩機的時候，巴斯可命令強化人零?村雨出擊迎敵，這時可以讓AA靠近他並交信，阿魯夫博士會說服零，零聽了阿魯夫博士的話後頓然醒悟，決定再不聽巴斯克的指使而加入我軍，全滅剩下的敵人後即可過關。
戰鬥結束後ARU隊和WB隊（其實現在主艦已經換成ア—ガマ了，所以以後改為AG隊）復歸，兩艦長都覺得已經不能再繼續聽加米托夫一派的指使了，遂決定離開聯邦軍，並且還擁護瑪琉艦長為新艦隊的總指揮官。 為了揭發OZ的罪行，J博士提議讓雷比爾將軍來發表演講，可是雷比爾將軍現在卻被OZ軟禁了，於是眾人決定要先救出雷比爾將軍，在那之前，要先到月面上的基地去進行修理和補給，所以艦隊開始向月球進發。 但是在半途中AA的推進劑已經見底了，所以就要到附近的殖民衛星“香格里拉”進行補充。
在機庫中，羅蘭看見了新制的粉色強襲高達，他以為吉良什麼時候喜歡上了這種惡趣味的顏色，沒想到卻激怒了旁邊的卡嘉麗，原來這部強襲是她的… …
Ex第五關：香格里拉的少年?Young Newtypes
聽說有聯邦軍的戰艦要入港，捷多(ジュド—=アシタ—)就想和幾個朋友一起到戰艦上去偷一部MS來……潛入成功後，捷多在機庫內發現了Z高達，正在歡喜的時候，高達X的主角-卡羅德(ガロ—ド=ラン)出現了，原來他也想來這裡掙點外快，可惜卻被捷足先登。 正當兩人開始爭吵之時，阿魯夫博士發現了他們，情急之下捷多乘上Z高達就跑，而卡羅德也緊追其後，布萊德剛想叫住兩人，卻發現三艘戰艦都出了問題無法控制了，原來是捷多裝置好的陷阱，偏偏此時瑪?庫貝又出現在此地……捷多和卡羅德只得暫時休戰先對付共同的敵人……
一開始兩人先向下移動，第二回合開始後阿姆羅和勇會來增援，同時瑪?庫貝也親自駕機出擊，和他一起出擊的還有瑪麗安（這回是本尊了……） 。 用勇和瑪麗安交信後瑪麗安就會加入我方，她的坐機丘貝蕾（キュベレイ）帶有浮游炮（ファンネル）是非常強力的武器能遠程攻擊也能直接攻擊且對像是敵整個小隊。 用阿姆羅擊倒瑪?庫貝可以得到特殊獎勵。 敵軍中的那部扎古3(ザクIII）記得要抓到手。
幾個小偷被押到艦橋，捷多在妹妹莉娜(リィナ)的威脅下只好乖乖道歉，接著莉娜又命令捷多他們幾個在艦上勞動以將功贖罪。 穆對卡羅德的身手挺中意，遂邀請他留在艦上，卡羅德也爽快地答應了。 J博士又設計好了EZ-8兩種新的改造方案，玩家可以根據戰況或是自己的喜好來改裝。
補給完畢正要離去時，突然有求救信號傳來，原來是玲(レイン=ミカムラ)乘坐的太空梭被OZ的部隊攻擊，多蒙一聽到馬上就駕駛閃光高達出擊，瑪琉艦長也下令全軍跟上。
第十三關：月世界的門?Ambition of OZ
太空梭情況緊急，哈里（ハリ—=オ—ド）為了保護玲和她的父親而單槍匹馬出擊，此時我軍即時趕到，多蒙更是發動了明鏡止水，誓不讓OZ碰玲一跟毫毛。
本關敵人有三位強手，分別是OZ的“閃光伯爵”澤古斯?馬其士（ゼクス=マ—キス）和那BT福羅斯特兄弟，不過在多蒙的閃光高達SUPER模式面前統統都不值得一提。 一開始可以先讓多蒙和玲交信。 如果羅蘭有上陣的話，讓他和敵軍中的ボゥ交戰會有對話，擊倒後她會再复活一次。 哈里和澤古斯戰鬥的話會有對話（一個面具男一個眼鏡男……），希羅和澤古斯可以交信，之後再用希羅擊倒他可以獲得獎勵點。 將敵人全滅之後在左下方出現了吉恩軍，而領軍的居然是基尼阿斯，在加布羅之戰中他在阿布薩拉斯3爆炸之前成功逃了出來，而且之後又開發了新型的MAグロムリン，今天他就是來試驗的。 隨後基尼阿斯就離去了。
敵人的增援中有兩部丘貝蕾，最好是將它們捕捉到，MAグロムリン在HP低下時會逃跑且不能捕捉，所以要用較強力的攻擊將其擊破。 擊倒グロムリン後它就逃走了。
戰鬥後哈里等人來到艦橋說明了被襲擊的經過，原來是OZ襲擊了月之民的居住地馮市（フォン?シティ），並且囚禁了月之民的女王迪阿娜（ディアナ），哈里只能帶著玲和她的父親逃出來，而且多蒙的父親也被囚禁了。 瑪琉艦長於是決定要去營救出女王，並決定用艦隊本隊來吸引敵人注意力而派遣別動隊前去救出女王。
第十四關：月之民?Help the queen,Diana
本關的敵人都帶有I力場等護罩，對射擊武器的防禦能力很強，所以要盡量挑選格鬥能力較好的機體出擊。 一開始的敵人並不是很強，用格鬥攻擊或是浮游炮類的武器就可以解決。
外頭的戰鬥開始後，希羅等人成功潛入了馮市。 眾人正在通路前進時，諾因（ルクレイツィア=ノイン）出現並告知前方路上有守衛，並將眾人帶往女王的所在地。 哈里不明白她為什麼要幫助我們，諾因說這都是澤古斯指示她做的。 第二回合開始後眾人終於見到了迪阿娜女王。
第四回合開始後，羅蘭駕駛著迪阿娜女王授予他的TURN A高達登場，迪阿娜女王也會轉移到AA上，這時如果敵人中的フィル和ボゥ還存活的話，可以讓AA和他們交信說得他們。 同時澤古斯因不滿OZ利用人質這種卑鄙的行為而加入我方，而諾因則帶著迪阿娜女王先行歸艦。 同時新的敵人在左方出現，要注意的是ビルゴI帶有可防御所有射擊武器的護罩，所以一定要用射擊以外的武器來攻擊才能奏效。
清光地圖後，敵人宣布投降。 而福羅斯特兄弟早帶著多蒙的父親卡修博士到了宇宙，原來他們的目的是卡修博士正在研究中的ULTIMATE高達……
獨立艦隊的下一個目標是OZ的宇宙要塞巴魯基（バルジ），雷比爾將軍正是被囚禁在那裡，迪阿娜女王也會讓自己的艦隊加入戰鬥。 此時J博士又帶來一個好消息，現在機體可以進行二段改造了，只不過所耗費的金錢數目大得驚人，如果玩家金錢不夠充裕的話，還是多多去索敵捕捉敵機來賣錢吧。
第十五關：巴魯基攻防戰?Challenge to OZ
本關開始布萊德艦長換乘新戰艦ネェル?ア—ガマ。 本關要讓卡羅德上場。
當迪阿娜艦隊引開大部分的敵人時，AA艦隊從另一面開始進攻巴魯基，OZ的狄魯邁由(デルマイユ)似乎不以為然，只派出少數部隊來迎擊。 消滅掉兩隊敵人以後，又會有新的MD（機動木偶）增援，而其中一部MD的作戰方式引起了J博士等人的注意力，它的行動和希羅十分相似，J博士認為一定是OZ把W高達的戰斗數據應用到MD身上了。 擊破這台特別的MD（H?Y）後它自爆了（這點還真是像希羅……），狄魯邁由又派出了三部X高達，其中的隊長機更是立即用月光炮攻擊AA，幸好AA即時閃過，這時卡繆和阿姆羅都感應到乘坐在X高達里的NT少女提法（ティファ），J博士認為她是被OZ利用她的NT能力來通過FLASH系統控制X高達行動的，瑪琉艦長就下令想法令X高達無法行動（將其打到快死，可以利用手加減的ID）並救出提法。 卡羅德有上場的話，讓卡羅德攻擊提法會有對話。 用卡羅德將X高達的HP打到差不多時卡羅德就會突入X高達救出提法並且直接換乘上X高達。 成功救出提法後福羅斯特兩兄弟卻出現了，他們當然不會讓卡羅德帶走X和提法，但是提法卻協助卡羅德使用月光炮攻擊兩兄弟，兩兄弟見勢不妙就馬上撤退了。 這時雷比爾將軍也成功地從要塞內逃了出來，不過狄魯邁由公爵還是執迷不悟要頑抗到底。
將本關一開始的兩名BOSS其中一名擊倒後，兩兄弟又出現了，並且將他們認為已經沒有用處的狄魯邁由消滅。 卡繆對兩兄弟這種連自己的同夥也不放過的卑鄙行為感到十分憤怒，衝上前欲殺之而後快，此時多蒙卻叫住了他告訴他不能失去理性且教會了卡繆明鏡止水的奧義，隨後卡繆發動Z高達的HYPER模式用超大光劍將兩兄弟KO，從此卡繆就多了能使Z高達HYPER化的ID。
將剩餘敵人全滅後OZ宣布投降。 AA號收到訊號，有大量的艦隊正在前往吉恩軍的所羅門要塞，於是瑪琉艦長和雷比爾將軍決定到所羅門去看看加米托夫到底在玩什麼花樣。 阿納海姆公司又造好了新的MS，妮娜想叫阿姆羅去進行試飛。
第十六關：光之宇宙：A swan will pass away……
0079中的悲劇重現，阿姆羅在試飛時夏亞和拉拉（ララァ）到來，和拉拉戰鬥兩次後就會發生事件，拉拉替夏亞擋下了致命的一擊……拉拉死後，阿姆羅和夏亞都陷入無比的痛苦中，這時基西莉亞的部隊來到，夏亞歸隊重新開始攻擊，所幸我方艦隊即時趕到，瑪琉艦長下令以保護阿姆羅為最優先全員出擊。
一開始不要讓阿姆羅走得太左邊，不然當他是友軍狀態時可能會有危險。 當我方可以行動時，應馬上讓吉良上前與阿姆羅交信，在吉良的鼓勵下阿姆羅振作起來復歸戰線。 零如果有上場的話，讓他和敵人中的NT-001交火會發生對話，隨後就可以交信說得。 再一次擊倒夏亞後他會離去。 擊毀基西莉亞的戰艦後，基西莉亞剛想逃走，不料西瑪（シ—マ）艦隊卻出現，西瑪是奉吉恩軍總帥吉倫（キレン）的命令來除掉基西莉亞的。 在基西莉亞化做宇宙中的塵埃之後，西瑪就準備要清理現場了。
西瑪小隊的MSド—ベンウルフ不錯，最好是能讓其散開後抓一兩部回去，全滅敵人後即可過關。
AA艦隊繼續向所羅門而去，在另一邊，福羅斯特兄弟又和西瑪聯手了。 在所羅門那邊，阿斯蘭也做為ZAFT的援軍參加所羅門防衛戰。
第十七關：所羅門攻略戰?Prepare for the Big Devil
在前線部隊戰鬥得水深火熱之時，加米托夫卻在後方下達了用太陽反射激光連同己方部隊一起消滅掉的命令，這樣一來他在聯邦軍之中就沒有敵手了。 此時AA艦隊到達，我們的目標就是一方面阻止反射激光照射，一方面保護友軍不被全滅。
一開始穆和吉良就出現在反射鏡下方，先讓他們上前去對付娜塔露的大天使級戰艦，這艘艦就是整個反射系統的控制艦(注意它和大天使號一樣有ラミネ—ト裝甲，一定要用實體武器攻擊，TURN A高達的最後一個武器就不錯），擊破它後，為了能徹底毀壞反射鏡，娜塔露願意犧牲自己讓大天使號將自己的戰艦擊破來引發爆炸。 情非得已，瑪琉只好下令主砲發射……將反射激光成功破壞後，惱羞成怒的加米托夫派出巴斯克的艦隊在地圖右方登場欲直接將我軍掃蕩乾淨，而大好人亞贊又給我們帶來了一部MK5……擊破巴斯克的戰艦後加米托夫也與艦同亡了。 在所羅門的另一面，讓宏和卡特交戰會有對話發生之後就可以交信，但是這次還是不能說得他的，所以還是擊落他吧。 將吉恩軍消滅到只剩五機的時候，阿斯蘭作為敵增援在所羅門右邊登場，可是他卻不想在受庫魯澤的擺佈，庫魯澤因此而要將其除掉。
阿斯蘭雖說發動了SEED，可是在強大的自由高達面前還是撐不了多久，所以玩家在引發這一事件之前一定要讓穆和吉良趕到所羅門附近（可以用母艦來載），當然阿斯蘭出現後可以用吉良交信，然後再用吉良將其擊墜就可。 穆和吉良同庫魯澤交戰時都有對話，擊破自由高達後，庫魯澤終於也“壯烈”了……全滅敵人後，守衛所羅門的多茲魯(ドズル=ザビ)中將駕駛著グロムリン在所羅門中央出現，卡特也在所羅門右邊復出，不過現在已經沒什麼對話了，直接擊到他們就可以。 所羅門陷落，多茲魯戰死，這下吉恩軍就實力大減，而ZAFT也失去了庫魯澤，這麼說故事是不是就要結束了呢……
本以為事情已經結束了，可沒想到突然收到了一個震驚的消息，夏亞恢復他原來的名字加斯巴魯?戴肯(キャスバル=ダイクン)並且成立新吉恩對地球聯邦宣戰，而且新吉恩艦隊已經向LUNA2進軍欲奪取儲存在LUNA2的核兵器，瑪琉艦長向雷比爾將軍請求讓AA艦隊先行前往LUNA2。 J博士回收了在戰鬥中損壞的自由高達並加以修理，下一關開始就能讓吉良乘坐了，其阿斯蘭也會加入我方。 與此同時，在宇宙中，福羅斯特兩兄弟不知又在計劃著什麼……
第十八關：從梅比烏斯之輪而來?Beyond the time
新吉恩艦隊正要開始進攻LUNA2的時候我軍到來，瑪琉艦長向夏亞說明了一切，並希望停止無意義的戰鬥，但夏亞還是堅持已念，所以這一戰是非打不可了。
開始戰鬥後我軍不要急於接近敵人，因為敵人的前鋒有能使用浮游炮遠程攻擊的機體，應該要將敵人引誘過來再加以消滅。 第二回合原吉恩軍的王牌“白狼”松永真(シン?マツナガ)和“紅色閃電”喬尼在地圖左上以第三軍身份出現。 當阿姆羅和夏亞交戰時會有對話，隨後再用阿姆羅將夏亞擊倒就會發生兩人的決鬥事件，不過在阿姆羅即將給夏亞致命一擊時，拉拉的靈魂之光卻出現了，夏亞感應到了拉拉的心意，決定先暫時於AA艦隊共同戰鬥，此時所有剩下的新吉恩軍都轉變為友軍。 幹掉白狼和紅色閃電後，基里乘坐著完成型的グロムリン?フォズィル出現，並一擊就將新吉恩艦隊掃乾淨，他還希望愛娜能回到他身邊，當然愛娜再一次拒絕了他。
基尼阿斯的MA有九千HP，現在就是大家秀必殺技的時候了，閃光高達的黃金指劍，X高達的月光炮，Z高達的突擊……別忘了最後一擊要讓西羅和愛娜來，擊倒基尼阿斯後他會復活並且離去，原來他在MA身上運用了ULTIMATE高達的細胞，所以是會無限再生的。
過關後，雷比爾將軍認為一定要消滅挑起這場戰爭的源頭--吉恩軍總帥吉倫?扎比，而夏亞也有相同的想法，所以他願意讓新吉恩軍和AA艦隊共同作戰，並且還將自己的戰艦送於AA隊，此時可以決定是否讓夏亞擔任艦長，選第一項是讓夏亞擔任艦長，第二項是讓西拿普斯艦長來擔任。
第十九關：宇宙要塞阿?保阿?庫?Sunset at Zeon
戰鬥開始前，吉倫的父親迪金公王想和雷比爾將軍議和，而吉倫卻已經把衛星炮對準了父親的艦隊……迪金公王和雷比爾將軍都葬身在閃光中……
AA艦隊來到了吉恩軍最後的陣地--宇宙要塞阿?保阿?庫，而吉倫也準備好了盛大的歡迎式，而卡特也在其中。 敵人分佈在三個方向，我方只要讓一隊去攻擊上方的敵人，其餘的由中路進攻就可以了。 白狼和紅色閃電被打倒後都會再复活一次，而西瑪被打倒後會撤退。 讓宏將卡特的HP減到三分之二以下時會發生劇情，卡特又會補滿HP，再用宏將他擊倒就會有對話，宏沒有給予卡特最後一擊，而是說服卡特不要再互相爭鬥而應該去面對真正的敵人。 全滅了地圖上的敵人後，吉恩軍總帥吉倫親自出馬，而且基尼阿斯也在場，但基尼阿斯卻因為吉倫曾經下令中止他的阿布薩拉斯開發計劃而記恨著吉倫，隨後基尼阿斯就將吉恩軍艦隊消滅。 福羅斯特出現後想要將他們認為已經無用的吉倫消滅時基尼阿斯卻朝他們開火了，數次對著自己的同伴開火的兩兄弟也嚐到了被同伴背叛的滋味。
グロムリン一擊將阿?保阿?庫打成兩半。 面對擁有如此強大火力和無限再生能力的敵人，眾人都感到十分擔心，而J博士卻鼓勵大家說，無論它能怎樣再生，只要我們不停地攻擊，總能將它完全消滅的，於是眾人重新拾起信心準備最後一戰。 剛才在戰場中消失的卡特也來要求加入，我軍又添了一份強大的戰力。
最終關：狂妄與執著一同結束的時候?The end of ambition
終於來到最終關了，一開始迎接我們的是西瑪艦隊，全部消滅後就是基尼阿斯本人登場的，他帶的部隊實力較強，都是大型MA和能防禦遠程攻擊的MD，玩家最好先消滅這些敵人後再專心和基尼阿斯交戰。 基尼阿斯的ID能大幅增強他的能力，而且還能複活兩次，第二次復活後卡修博士會出現，他會告訴我們如何才能打敗基尼阿斯，原來在グロムリン身上的ULTIMATE細胞是不完全的，它是根據操縱者的意志來增強機體的能力的，只要以高過基尼阿斯的戰鬥意志來攻擊的話，就能讓ULTIMATE細胞停止活動。 然後只要讓多蒙攻擊基尼阿斯就可以引發劇情，在閃光高達的一擊下，グロムリン?フォズィル的再生機能完全失效了，集合所有的力量進行最後一次攻擊吧。 最後一次擊倒グロムリン?フォズィル後它的外部武裝脫落，露出了裡面的グロムリン，最後再將其擊破，戰爭結束了，世界清靜了，基尼阿斯也在火光中化為灰燼……
一年戰爭結束，吉恩公國改名為吉恩共和國，PLANT也重回聯邦軍管理之下，但是故事還是沒有完全結束，我們的獨立艦隊被任命去掃討吉恩和OZ的殘黨，傑庫斯正準備要進行地球肅清行動，還有很多的事等著玩家去解決呢……
通關後可以接記錄繼續玩，不過現在只能索敵，隱藏關也會在索敵戰鬥之後出現，那麼，繼續奮戰吧各位！
爆機
完
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